KLASIFIKASI MIKROORGANISME

TUGAS KELOMPOK

PENGANTAR MIKROBIOLOGI

KLASIFIKASI MIKROORGANISME

( Kriteria Penggolongan Klasifikasi dan Identifikasi Mikroorganisme)

            Makalah ini disusun sebagai syarat untuk menempuk mata kuliah Pengantar Mikroobiologi yang diampu tim dosen Dr. Handoko, M.Pd / Dr. Agus Sutanto, M. Si.

Disusun oleh :

Kelompok 4

Pendidikan Biologi C

NO	NAMA	NPM	TTD
1	Eka Suprapto	09321197
2	Felia Tika Regiana	08320975
3	Hepi Tamala	09321207
4	Nofiatul Khoiriyah	09321223
5	Riska Agusrio Saputra	09321236
6	Siska Indarbeni	09321239

FAKULTAS KEGURUAN DAN ILMU PENDIDIKAN

UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH MUHAMMADIYAH METRO

2011

BAB I

PENDAHULUAN

1.1  Latar Belakang Masalah

Mikroorganisme merupakan suatu kelompok organisme yang tidak dapat dilihat dengan menggunakan mata telanjang, sehingga diperlukan alat bantu untuk dapat melihatnya seperti mikroskop, lup dan lain-lain. Cakupan dunia mikroorganisme sangat luas, terdiri dari berbagai kelompok dan jenis, sehingga diperlukan suatu cara pengelompokan atau pengklasifikasian.

Klasifikasi adalah suatu istilah yang berkaitan dan sering kali digunakan atau dipertukarkan dengan taksonomi. Taksonomi adalah ilmu mengenai klasifikasi atau penataan sistematis organisme kedalam kelompok atau kategori yang disebut taksa (tunggal, takson) tetapi penyusunan taksonomi mikroorganisme mensyaratkan diidentifikasi sebagai mana mestinya dan diberi nama. Kegiatan secara keseluruhan, yakni tentang pengklasifikasian penamaan dan pengidentifikasian mikroorganisme, disebut sebagai sistematika mikroba.

Menyusun sistematik dalam dunia mikroorganisme bukanlah pekerjaan yang mudah kesulitan pertama yang kita hadapi ialah menentukan apakah mikroba itu golongan hewan atau golongan tumbuhan. Setelah leeuwenhoek menyelami dunia mikroorganisme , sarjana Zoologi seperti Muller (1773) dan erlenberg (1838) menggolongkan bakteri pada protozoa. Baru pada tahun (1873), Cohn sarjana botani bangsa Jerman, mengetahui adanya ciri-ciri yang menyebabkan ia lebih condong menggolongkan bakteri (salah satu mikroorganisme) pada tumbuhan. Klasifikasi bakteri secara agak lengkap pada tahun 1875, dan sejak itu diadakan penyempurnaan secara berangsur-angsur sampai sekarang.

Banyak kesulitan dalam mengklasifikasikan mikroorganisme.Misalnya dalam klasifikasi bakteri.Kriteria dalam kalasifikasi berbeda dengan mengklasifikasikan tumbuhan tingkat tinggi dan hewan tingkat tinggi yang didasarkan terutama pada sifat-sifat marfologisnya.Tetapi hal ini sulit dilaksanakan pada bakteri, sehingga klasifikasi bakteri di dasarkan sebagian pada sifat-sifat morfologi, dan sifat-sifat fisiologinya termasuk imunologi.

Banyak bakteri di bawah mikroskop menunjukkan bentuk morfologi yang sama, tetapi sifat-sifat fisiologi mereka berlainan sama sekali. Ada beberapa golongan bakteri yang sama bentuknya, tetapi yang satu dapat mencernakan asam amino tertentu, sedangkan yang lainnya tidak. Ada pula suatu golongan yang dapat menyebabkan suatu penyakit, sedang golongan yang lain tidak.Maka jelaslah bahwa kesukaran kita untuk menetapkan spesies berdasarkan sifat-sifat morfologi saja.

1.2 Tujuan

·         Mengetahui kreteria penggolongan klasifikasi dan identifikasi suatu mikroorganisme

·         Mengetahui manfaat mikroorganisme bagi kehidupan.

BAB II

PEMBAHASAN

2.1  KRITERIA PENGGOLONGAN DAN IDENTIFIKASI MIKROORGANISME

2.1.1        Ciri-Ciri Morfologi

Organisme-organisme yang lebih tinggi tingkatannya sering digolong-golongkan menurut susunan anatomi tubuhnya, akan tetapi banyak mikroorganisme yang kelihatan sama kalau hanya didasarkan atas struktur tubuhnya saja. Dengan menggunakan mikroskop  dapat dilihat dilihat adanya persamaan-persamaan antara mikroba yang satu dengan mikroba yang lainnya, tetapi berbeda dalam sifat-sifat metabolism dan fisiologinya. Dari morfologi sel kita dapat mengetahui hubungan filogeni antara mikroba yang satu dengan yang lain, tetapi sifat morfologi masih berguna dalam mengidentifikasi bakteri. Sebagai contoh dapat dikemukakan di sini adalah adanya flagella, endospore, dan bentuk-bentuk lainnya dapat digunakan untuk membedakan jenisnya mikroba.

2.2.2 Pengecetan Diferensial

Salah satu langkah pertama yang dilakukan dalam mengadakan identifikasi bakteri adalah dengan mengadakan pengecetan diferensial, misalnya dengan pengecetan Gram.Beberapa bakteri yang tergolong dalam bakteri Gram + dan yang lainnya termasuk ke dalam golongan bakteri Gram - .pengecetan lainnya seperti pengecetan Ziehl Neelson, jika akan berguna untuk membedakan beberapa golongan bakteri. Kiranya perlu diingat bahwa pengecetan Ziehl Neelson hasilnya tergantung kepada susunan kimia dari dinding sel bakteri yang akandiwarnai dan oleh karena itu cara ini kurang cocok untuk diidentifikasi bakteri yang tidak mempunyai dinding sel seperti Archaeobacteria.

2.2.3        Uji Biokimia

Aktivitas-aktivitas enzimatik pada mikroba amat berguna untuk membedakan  mikroba yang satu dengan yang lain. Atas dasar ini dapat diketahui beberapa bakteri yang sangat erat kekerabatannya sering dipisahkan dalam golongan yang berlainan dengan menguji kemampuan mikroba tersebut untuk dapat mengadakan fermentasi sejenis hidrat arang. Didalam saluran pencernaan makanan manusia dan hewan terdapat kelompok bakteri Gram  negatif , misalnya, anggota-anggota dari genera Escherichia, Enterobacter, Shigella, dan Salmonella.  Genus Escherichia danEnterobacter  dapat dibedakan dengan genus Salmonella dan Shigella menurut kemampuannya untuk mengadakan fermentasi laktosa. Kedua genera yang pertama dapat merombak laktosa menjadi asam dan gas melalui proses fermentasi, sedangkan yang disebutkan terakhi r tidak. Dengan uji biokimia ini kita dapat membedakan jenis mikroba yang satu dengan yang lainnya seperti yang terlukis dalam flowchart berikut ini.

Dapatkah bakteri

memfermentasi laktosa ?

ya                                                        tidak

apakah bakteri ini dapat          apakah bakteri itu dapat menggunakan

membedakan asam-asam         asam sitrat sebagai satu-satunya

sitrat sebagai satu-satunya      sumber energy ?

sumberkarbon ?

                        ya                                tidak                            ya                                tidak

           

            apakah dihasilkan                    Escherechia           Salmonella                         Shigella

            acetoin                                                                    umumnya                         menghasilkan

                                                                                    menghasilkan              lysine

                                                                                           H₂S                                   dekarboksilase

            ya                    tidak

                       

                        Enterobacter               Citrobacter

2.2.4        Serologi

Serologi adalah ilmu pengetahuan yang mempelajari tentang serum darah, terutama mengenai antigen dan antibody serta hubungan antara antigen dengan antibody tersebut.Mikroorganisme dapat merupakan antigen apabila disuntikkan ke dalam tubuh hewan dapat merangsang pembentukan semacam zat yang melawan antigen itu.Zat ini disebut antibody.Contoh : apabila bibit penyakit yang sudah dilemahkan disuntikkan ke dalam tubuh hewan percobaan, maka bibit penyakit yang sudah dilemahkan tersebut merangsang pembentukan antibodi di dalam serum hewan tersebut. Antisera (bentuk tunggal : antiserum), adalah semacam larutan yang mengandung pathogen. Apabila suatu bakteri yang belum diketahui identitasnya diisolasi dari tubuh seorang pasien dapat diuji dengan antisera yang telah diketahui. Prosedur pengujian ini disebut tes aglutinasi dapat dilakukan sebagai berikut :

a.       Mikroba bakteri yang belum diketahui ditempatkan dalam setetes larutan garam fisiologi pada sebuah kaca objek yang steril.

b.      Campurkan deengan setetes antiserum yang sudah diketahui.

c.       Bakteri yang sama dicampur dengan antisera lain pada kaca objek yang berbeda.

Bila terjadi aglutinasi atau penggumpalan bakteri, maka akan kelihatan butir-butir halus dalam campuran antiserum dengan antibody yang dihasilkan oleh bakteri, maka tesnya adalah tes negative. Tes serologi ini dapat membedakan spesies-spesies mikroba dan juga atrain-strain dalam satu spesies.

2.2.5        Urutan Asam-Asam Amino

Banyak informasi yang dapat diperoleh dari urutan asam-asam amino pada senyawa-senyawa protein.Urutan asam-asam amino dalam suatu jenis protein secara langsung mencerminkan urutan basa dalam membuat kode gen. jadi dengan membandingkan urutan asam-asam amino pada protein dari 2 macam jasad hidup dapat menunjukkan eratnya kekerabatan antara kedua jasad tersebut.Maka serupa urutannya, maka makin dekat hubungan antara kedua jasad tersebut.

2.2.6        Analisis Protein

Mikroorganisme yang erat hubungannya mempunyai senyawa protein yang identik.

2.2.7        Susunan Basa Asam Nukleat

Suatu cara penggolongan atau klasifikasi yang sudah banyak digunakan oleh para ahli taksonomi dalam mengadakan klasifikasi mikroorganisme ialah dengan melibatkan sifat susunan basa nitrogen dari DNA. Susunan basa nitrogen ini biasanya dinyatakan sebagai jumlah persentasi guanine dan sitosin.Persentasi pasangan G-S di dalam asam nukleat suatu sel dapat digunakan dalam klasifikasi makhluk hidup. Dua organisme yang erat hubungannya serta mempunyai persamaan gen-gen, akan mempunyai jumlah basa-basa yang sama di dalam DNA. Sebaliknya apabila ada perbedaan lebih dari 10% persentasi G-S, misalnya, DNA suatu bakteria mengandung 40% paasangan G-S, dan DNA bakteri lainnya mengandung 60%  pasangan G-S, maka kedua macam bakteri ini kemungkinan tidak ada hubungannya. Perlu diingat bahwa apabila 2 organisme yang mempunyai persentasi G-S yang sama, tidak harus mempunyai kekerabatan yang erat. Sebenarnnya menentukan urutan basa dalam DNA dalam sel makhluk hidup, kecuali virus.Akan tetapi urutan basa-basa dalam RNA ribosom (r RNA) dapat memberikan informasi tentang hubungan evolusi antar bakteri-bakteri. Genera yang mempunyai suusunan basa yang sama akan berbeda dengan susunan basa-basa DNA dari genera lain yang berbeda.

2.2.8        Hibridisasi Asam Nukleat

Bilasuatu molukul DNA dipanaskan, maka ikatan ‘doble helix’ akan terpisah menjadi ikan hydrogen-dan basa-basa nitrogen. Kalau rantai tunggal DNA dinginkan secara berlahan-lahan maka akan terbentuk kembali molekul rantai rangkap ( doble helix) yang identic dengan semula. Penggabungan kembali ini terjadi, karena ikatan tunggal itu merupakan pasangannya. Apabila cara ini dilakukan pada 2 macam organisme yang yang berbeda, maka mungkin dapat ditentukan kesamaan urutan-urutan basa makhluk tersebut. Cara ini dikenal dengan istilah hibridisasi asam nukleat(nucleic acid hybridization ). Diperkirakan bahwa 2 spesies yang sama atau mempunyai yang erat, akan mempunyai urutan asam-sam nukleat yang sam pula. Cara ini juga dapat mengukur kemampuan rantai tunggal DNA suatu organisme untuk mengadakan hibridisasi dengan rantai tunggal DNA organisme lain. Makin besar derajat hibridisasiny, makin dekat pula kekerabatna antara 2 organisme yang mengadakan hibridisasi tersebut.RNA mempunyai 1 rantai tunggal dan dapat dicetak oleh salah 1 rantai tunggal DNA. Suatu rantai tunggal DNA merupakan komplemen dari rantai DNA dan akan mengadakan hibridisasi dengan rantai tunggal DNA yang terpisah. Hibridisasi DNA-RNA dapat digunakan untuk mengetahui hubungan kekerabatan antara DNA organisme yang satu dengan RNA organisme yang lain. Akan tetapi perlu diketahui bahwa metode ini dan juga susunan asam nukleat dan urutan asam nukleat terlalu rumit digunakan untuk identifikasi mikroorganisme dilaboratorium klinik.

Untuk menjelaskan keterangan singgakat ini, berikut ini disajikan ilustrai hibridisasi DNA dalam bentuk gambar.

2.2  KLASIFIKASI MIKROORGANISME

Semua jasad hidup bersel satu atau uniseluler dapat dibedakan menjadi 4 golongan sebagai berikut :

2.2.1        Binatang Bersel Satu

a.       Protozoa , contoh : amoeba, plasmodium, Paramecium, euglena dll.

2.2.2        Tumbuhan Mikroskopis

a.       Fungi, contoh: eumycetes

b.      Alga yang bersifat eukaryotik

Ganggang ini membutuhkan sinar matahari untuk pertumbuhannya dapat dibagi menjadi : alga hijau, alga merah, lga perang, alga laut dll.

2.2.3        Prokaryotic

A.    Prokaryotae yang fototrofrik,

1.      Cyanobakteriae, membutuhkan cahaya matahari untuk pertumbuhannya. Ini merupakan green algae

2.      Photobacteria ( rhodospirales )

a.       Bakeri ungu

·         Rhodosspirillacae, (dulu Atheorhodaseae)

·         Chromatiaceae, ( dulu Thiorhaodaceae )

B.     Scotobacteria, yaitu prokaryota yang tidak membutuhkan cahaya dalam pertumbuhannya.

1.      Schizomycetes, yaitu semua bakteri yang termasuk dalam eubacteriales dan kebanyakan bakteri pathogen

2.      Actinomycetes

3.      Rickettsia, merupakan scotobacteria yang obligat yang hidup didalam sel – sel eukariotik sebagai parasite jasad ini lebih kecil dari bakteri

·         Rickettsia penyebab penyakit demam tipes.

·         Clamydia, dapat menyebabkan penyakit trachoma

4.      Mycoplasma, merupakan scotobacteria yang tidak mempunyai dinding sel, tetapi dikelilingi tiga lapis membrane sel. Disebut juga sebagai PPLO(pleuropnewmonia like organisme) dapat menyebabkan penyakit pada saluran pernapasan.

2.2.4        Virus : tidak merupakan sel prokariotik maupun prokariotik.

2.3  PROKARYOTAE DAN EUKARYOTAE

Telah kita ketahui bahwa prokariota dan eukariota dibedakan berdasarkan atas adanya membrane inti sel mikroba tersebut.Prokariota adalah kelompok besar jasad hidup yang tidak mempunyai inti sel yang jelas dengan membrane inti yang sempurna, sedanng eukariota adalah kelompok besar jasad hidup yang sudah mempunyai inti sel dengan membrane inti yang sempurna.Mikroorganisme yang termasuk golongan prokariota da nada pula yang termasuk prokariota.

2.3.1        Prokaryota

Prokariota adalah jasad hidup yang belum mempunyai inti sel yang jelas dengean membrane inti yang sempurna.Contoh :

a.       Cyanobacteria

Cyanobacteria adalah alga biru yang membutuhkan cahaya matahari, dapat hidup pada media yang tidak hidup.Jasad ini dapat berkembanngbiak dengan fragmentasi dan pembiakan secara kawin. Cyanophyceae berukuran dari yang sangat kecil sekali sampai panjang 1 meter, tidak dapat menembus filter. Struktur sel menyerupai struktur sel bakteri dan dapat membentuk spora yang dorman.

b.      Schizomycetes

Oleh karena bakteri berkembang biak dengan cara membelah diri, maka jasad ini dimasukkan kedalam schizomycetes. Dapat hidup ditempat-tempat yang gelap dan lingkungan abiotic.Pada umumnya morfologi bervariasi, ada yang berbentuk bulat, seperti batang dan spiril.

c.       Mycoplasma

Mycoplasma disebut juga PPLO (pleuropnewmonia like organisme) dapt hidup pada media abiotic atau embrio ayam atau dalam kultur jaringan. Jasad ini merupakan sel yang paling kecil yang mempunyai struktur dalam samadengan bakteri tapi tidak mempunyai dinding sel, dapat berkembanng biak dengan membelah diri.

d.      Ricketsiae dan chlamydae

Ricketsiae                                                        chlamydae                  

Ricketsiae dan chlamydae hanya dapat hidup dalam sel-sel hidup, merupakan jasad seluler, ukurannya lebih kecil dari bakteria

2.3.2        Eukaryotae

Eukaryotae adalah golongan jasad hidup yang telah mempunyai inti sel yang jelas dengan membrane inti yang jelas. Mikroorganisme yang termasuk eukaryotae antara lain adalah :

a.       Jamur dan yeast

jamur                                                               yearst

Jasaad-jasad ini dapat hidup pada media yang mati, berukuran lebih besar dari bakteria, ada yang berbentuk filament atau bentuk-bentuk lain yang makroskopis. Karena ukurannya lebih besar dari bakteri, maka jasad ini tidak dapat menembus filter. Struktur sel nya terutama sel nya dapat dilihat dengan mengunakan mikroskop biasa

b.      Chlorophyta atau alga hijau

Alga hijau mempunyai clorofil dan membutuhkan cahaya untuk biosintesis, berkembang biak dengan cara membelah diri juga dapat secara seksual. Struktur sel nya seperti struktur sel tumbuhan tinggi.

c.       Cyanopyceae

Cyanopyceae atau alga biru juga membutuhkan cahaya matahari untuk biosintesis, berkembang biak dengan frakmentasi atau secara kawin. Ukuran besarnya berfariasi, dari berukuran mikroskopis sampai panjang satu m, tidak dapat menembus filter. Struktur selnya menyerupai bakteri, ada yang dapat membentuk spora yang bersifat dormal.

d.      Protozoa

Protozoa adalah binatang bersel satu atau uniseluler, tidak membutuhkan cahaya untuk biosintesis, berkembang biak dengan membelah mitosis dan sitokinesis atau dengan alat perkembangbiakan ukuran besar protozoa lebih besar dari bakteri dengan volume sel bakteri, tidak dapat menembus filter. Struktur  dalam sel berkembang biak, tidak mempunyai dinding sel, mempunyai vakuola dan inti sel.

2.3.3        Virus

Virus tidak termasuk prokaryotae dan eukaryotae. Ukuran virus sangat kecil sekali sehingga dapat menembus filter bacteria, tidak dapat dilihat dengan mikroskop biasa, tapi dapat dilihat dengan mengunakan mikroskop electron. Virus hanya dapat hidup dalam sel – sel jaringan tubuh hospes dan dapat mengadakan replikasi.

Uraian – uraian diatas merupakan contoh – contoh dari mikroorganisme yang termasuk anggota prokaryotae dan eukaryotae agar dapat di bandingkan satu dengan yang lainnya.

2.3.4        Archaeobacteria

Archeobacteria, bukan termasuk anggota prokaryotae maupun eukaryotae.Pembagian jasad hidup menjadi prokaryotae dan eukaryotae, telah mendapat tantangn dari sejumlah ahli biologi yang mengusulkan kategori ketiga.Jasad hidup yang termasuk kedalam kategori baru ini adalah bakteria yang termasuk prokaryotae. Sekarang sudah menjadi jelas bahwa bakteri ini tidak mempunyai hubungan yang rapat dengan bakteri yang lainnya yang dikenal dengan nama eubacteria.

Bakteri yang termasuk kedalam kategori baru tersebut diatas, nampaknya seperti bakteri yang tipikal dan tidak mempunyai nucleus dan organelle lain yang mempunyai membran. akan tetapi sudah bertahun-tahun dikenal bahwa jasad ini tidak biasa dalam beberapa hal misalnya, tidak mempunyai peptidoglikan didalam dinding selnya, dan dapaat hidup dilingkunganny ayng ekstri, oleh karena jasad ini diperkirakan mempunyai moyang dari jasad pada maassa dahulu kala, makaa jasad ini diberi nama archeobacteria ( archaios = purbakala, ancient ). Apakah yang menjadi bukti bahwa archaeobacteria merupakan suatu kelompok yang terpisah dari bakteria yang sebenarnya dan eukaryotae buktinya dapat diberikan secara biokimia, dan kebanyakan berasal dari urutan molekul-molekul RNA dari berbagai jenis jasad hidup adalah esensial bagi semua bentuk dibumi kita ini, dan urutan dari nukleutida- nukleutida didalam rRNA yang mencerminkan sejarah evolusi dari sel dalam mana dijumpai adanya rRNA. Dengan dasar kesamaan adan perbedaan antara RNA- RNA dari banyak spesies yang berbeda, archaeobacteria membentuk suatu kelompok yang berbeda dari eubacteria dan eukaryotae. Data mengenai transfer molekul-molekul RNA, dan kepekaan terhadap antibiotika juga mendukung perbedaan ini.

Dari informasi-informasi yang dikumpulkan, para meneliti telah menyimpulkan bahwa archaeobacteria terpisah dari pohon evolusi ( evolusionary tree ) untuk membentuk cabang terpisah eubacteria dan eukaryotae pada waktu yang bersamaan. Penelitian tentang archaeobacteria menyarankan beberapa perubahan-perubahan dalam teori yang baru untuk menjelaskan asal usul sel eukaryotic.Pada umumnya sudah diyakini bahwa mitokondria dan kloroplas diturunkan dari bakteria yang hidup secara simbiosis didalam sel lainnya.Dan dianggap sel-sel hospes bakteri yang biasa.Sekarang, ternyata bahwa sel hospes asal merupakan mikroorganisme yang mengalami evolusi sepanjang garis yang terpisah dari eubacteria. Konsep ini akan mempertegas perbedaan-perbedaan molekul-molekul dasar diantara eubacteria, eukaryotae dan archaeobacteria.

2.3.5        Kerugian dan Keuntungan Bakteri Bagi Manusia

Bakteri penyebab penyakit pada manusia:

Bakteri yang bermanfaat bagi manusia :

a.       Salmonella thyphosa >> penyebab penyakit tifus

b.      Mycobacterium tuberculosis >> penyebab penyakit TBC

c.       Mycobacterium leprae >> penyebab penyakit lepra

d.      Treponema pallidum >> penyebab penyakit sifilis

e.       Shigella dysentriae >> penyebab penyakit disentri basiler

f.       Diplococcus pneumoniae >> penyebab penyakit radang paru-paru

g.      Vibrio cholera >> penyebab penyakit kolera

BAB III

KESIMPULAN

Klasifikasi mikroba adalah ilmu yang membagi tumbuhan atau hewan kedalam golongan-golongan menurut hubungan antara yang satu dengan yang lainya.Letak kesulitan dalam menentukan klasifikasi apakah mikroba itu golongan hewan atau golongan tumbuhan, dalam hal kesamaan suhu, ciri-ciri.Cohn sarjana botani bangsa Jerman, mengetahui adanya ciri-ciri yang menyebabkan ia lebih condong menggolongkan bakteri (salah satu mikroorganisme) pada tumbuhan.

DAFTAR PUSTAKA

Anonymous, 2009.Klasifkasi mikroba.http//massofa.wordpress.com
Diakses tanggal 10 Oktober 2011.

Anonymous, 2009.Taksonomi mikroba. http//wikipedia.org
Diakses tanggal 10 Oktober 2011.

Pramono, hendro. 2007. Penggolongan mikroba. Bandung: kurnia.

Tarigan, jeneng. 1988. Pengantar Mikrobiologi. Jakarta : DPK